В свете реализации национальной инициативы "Наша новая школа" с этого учебного года как экспериментальная площадка Министерства образования республики Верхоянская средняя общеобразовательная школа им. М.Л. Новгородова первой в районе внедряет федеральный государственный образовательный стандарт.
Система внутришкольного управления связана с деятельностью микрошкол:  Детства, Здоровья, Словесности, Природы, Истории, Лингва, Точных наук, Труда, которые сыграли большую роль в демократизации внутришкольного  управления по горизонтали и вертикали. Микрошколы  имеют научно-методические, управленческие функции. Каждая из них имеет свой педколлектив. Они стали центрами учебно-воспитательной работы, включая вторую половину дня.
В 2006 году Верхоянская средняя школа получила статус  ассоциированной школы ЮНЕСКО. Участие   школы в Проекте Ассоциированных школ ЮНЕСКО не является случайностью. Этому предшествовал ряд последовательных шагов, предпринятых коллективом и администрацией школы. В феврале  2006 г. на базе школы прошёл международный семинар "Межкультурный диалог через образование" с участием экспертов Совета Европы.
 Школа поддерживает связь с ассоциированными школами ЮНЕСКО РС (Я) в плане обмена опытом  работы, учебными материалами, передовыми методиками, учащимися, педагогами, в организации летнего отдыха (учёба и отдых детей в лагере ЮНЕСКО, поездки во время летних каникул на языковые стажировки). С 2004 г. мы сотрудничаем с Саха-Бельгийской гимназией Усть-Алданского улуса.   Основная методическая помощь состоит в организации приезда иностранных  преподавателей английского и французского языков.
С 2007 г. Верхоянская школа работает как республиканская экспериментальная площадка по теме "Культурно-образовательный туризм детей на Полюсе холода как средство формирования социально адаптированной личности учащихся". Идея этого проекта возникла из социально-культурной особенности нашего города.  Верхоянск - полюс холода, самый маленький в мире, исторический город. Он привлекал и будет привлекать к себе внимание иностранных туристов и учёной общественности. Однако сфера туризма здесь остается свободной нишей, тогда как в некоторых странах туризм является одной из главных бюджетообразующих отраслей экономики. Особенность проекта - участие детей  во всех этапах его реализации: с краеведческой и исследовательской работы до разработки маршрутов и их  обслуживания. В режиме эксперимента работает примерно 40 % педагогов школы, большинство из них входит в творческие группы учителей по 5-и основным направлениям: природа, культура, духовность, история, межкультурное общение. В этом году коллектив работает над выпуском электронного пособия по туризму в Верхоянье. Проведены научно-практические конференции с широким охватом педагогов Верхоянья, с участием представителей научного сообщества республики.
Благодаря активности всего коллектива школьный туристический проект был одобрен на уровне республики  и в 2009 г. получил Грант Президента РС (Я). В этом году эксперимент завершается, потому проводится  обобщающая работа по проекту.
С целью осуществления Комп-  лексного проекта модернизации образования расширяется роль участия общественности в управлении образованием. Создан Управляющий Совет школы из числа родителей, педагогов, представителей общественности, учащихся. Совет действенно участвует во всех делах школы.
Демократическое управление обеспечивает учащимся право на самоопределение, саморазвитие и самоуправление в общешкольном коллективе. В школе активно работает ДОО "ИСКРА" (президент Евдокия Слепцова), которая имеет свои ответвления по интересам: отряд охраны правопорядка "ЯГУАР" (командир Иван Стручков), Клуб вожатых (руководитель Василий Малюков), Пресс-центр "Янга-ньюс". При информационном центре 1 раз в месяц выпускается школьная газета "Янга News", главный редактор - Кристина Слепцова, ученица 9 "б" класса, . Газета два года подряд становилась лучшей школьной газетой в районе по итогам конкурса "Малая пресса" -2009-2010 гг.
На базе школы также плодотворно работает школьная телестудия "СардаІа" директором является ученик 8 "б" класса - Артём Рожин. Телестудия "СардаІа" - победитель многих конкурсов и музейных биеннале.
С приходом нового творческого педагога, мастера производственного обучения Е.В. Ефимовой в школе появилась студия декоративно-прикладного творчества "Уран Тарбах". По итогам конкурса "Чімчµµк-2010" студия "Уран тарбах" стала лучшей в районе.
Учитель музыки Р.Н. Кривошапкин активно пропагандирует живую музыку и приобщает к игре на гитаре учащихся школы. Так, в этом году был создан школьный вокально-инструментальный ансамбль "Аптаах дор±оон".
Для организации системной комплексной работы по сохранению и укреплению здоровья реализуется программа "Здоровьесберегающая среда в условиях Крайнего Севера". Эта программа разработана на основе опыта Верхоянской школы по оптимальному ритму работы школы, впервые выработанному в результате научного эксперимента "Учебный год".