Официальной датой открытия Верхоянской школы считается 1871г. Этому событию предшествовала большая организаторская работа, и она связана с именами трёх людей: исправника Верхоянского округа Иващенко В.В., политссыльного Худякова И.А., купца Горохова С.В.

В конце 1866г. в г. Верхоянск по назначению приехал новый исправник Верхоянского округа  В.В. Иващенко. В апреле 1867г. прибыли политссыльные И.А. Худяков и Ян Заборовский. Они часто бывали у исправника В.В. Иващенко, и Иван Александрович Худяков смог убедить исправника об открытии школы в г. Верхоянск. Наверняка, политссыльный приводил в пример "Положение о народных начальных училищах"  и "Устав гимназий и прогимназий", утверждённые в 1864г. Начальное образование дети получали в государственных, церковно-приходских, земских школах.  Это было время правления императора Александра  Второго Освободителя, реформатора России. Империи нужны были грамотные, образованные люди. Исправник В.В. Иващенко 12 августа 1867г. донёс Якутскому гражданскому губернатору А.Д. Лохвицкому о том, что "население округа с радостью изъявило согласие и пожертвовало для открытия приходского училища 1,064 руб. 80 коп" серебром. И необходимо особо отметить вклад верхоянского купца второй гильдии Семёна Васильевича Горохова в этом важном событии. Сочувствуя делу народного образования, огромную помощь в открытии училища, его работе оказали Семён Васильевич, а затем его сын Никита Горохов. Он предложил безвозмездно использовать, до строительства здания школы, флигель своего дома с четырьмя изолированными комнатами.
1 января 1871г. в г. Верхоянск было открыто одноклассное приходское училище Министерства народного образования. Поступило 4 ученика. Первым учителем был назначен казак Ефим Попов, попечителем - купец С. В. Горохов.
Положительную роль сыграло открытие в 1874г. пансионата для детей бедняков при училище, что является заслугой Н.С. Горохова. В 1877г.  из 24 учащихся училища 16 чел. проживало в пансионате. Пансионат содержали старосты Петр Эверстов и Афанасий Новгородов. К слову сказать, и в наши дни при школе существует интернат, в котором проживают учащиеся гимназических классов и ученики спортшколы, приехавшие из разных наслегов района. Тяга местного населения к образованию росла. Количество учащихся постепенно увеличивалось. Училище требовало немалых расходов.             
К 1 января 1880г.  школа помещалась в собственном здании. В 1892г. параллельно с приходским училищем была открыта церковно-приходская школа. Но в 1893г. по указанию Главного инспектора Восточной Сибири Верхоянское городское начальное училище было передано из системы Министерства народного просвещения в ведение местной инородной управы и объединено с церковно-приходской школой. В 1897 г. школа была преобразована в двухклассную (школа была с шестилетним обучением и называлась 2-х классная школа). В 1917 г. был открыт 4-й класс. В то время Верхоянская школа была одним из форпостов просвещения по всему северу Российской империи. Лучи ее света простирались до берегов Лены, Ледовитого океана, Колымы, отрогов Верхоянских хребтов.
Пусть в дореволюционной Верхоянской школе учителей не хватало, но полученные знания, давали возможность выпускникам успешно продолжать своё образование в разных учебных заведениях  России: в г. Якутск, г. Иркутск, г. Томск, г. Казань  и др. городах Российской империи.
В 1915г. на юрфак Казанского университета поступил Иннокентий Ильич Аммосов.
В 1916 г. диплом Томского университета получил Ефимов Георгий Семёнович, который успешно окончил юридический факультет. В годы учёбы в г. Томск он руководил землячеством якутских студентов, там же познакомился со студентом учительского института П.А. Слепцовым - Ойунским.  Это знакомство сохранилось на  годы. В 1920г. уроженец г. Верхоянск Г.С. Ефимов был включён в состав организационной комиссии по вопросу включения Якутской области в состав Иркутской губернии в качестве секретаря вместе с М.К. Аммосовым, П.А.Ойунским. Указом Якутского губернского революционного комитета Г.С. Ефимов был назначен заведующим отделом народного образования с целью "создания трудовой школы и школы революционного воспитания и подготовки почвы будущему Народному комиссариату просвещения Якутии..."
На VIII Всероссийском  съезде Советов в декабре 1920г. якутская делегация в составе С.М. Аржакова, В.Д. Виленского, Г.С. Ефимова поставила вопрос о предоставлении автономии Якутии. 4 октября 1921г. Якутский губревком создает спец. комиссию по подготовке проекта конституции автономной республики, председателем был назначен П.А. Ойунский, членами - С.М. Аржаков, С.Н. Донской, Л.М. Тверской и Г.С. Ефимов.  Основная работа по составлению проекта конституции была выполнена Г.С. Ефимовым, так как он был дипломированным специалистом.
В 1917г. состоялся первый выпуск 4 класса, и один из выпускников Верхоянской школы Афанасий Иннокентьевич Новгородов сразу поступил в Иркутскую учительскую семинарию, где уже учился его старший брат Василий Новгородов, далее продолжил обучение в Иркутском сельскохозяйственном училище.  С установлением советской власти в г. Иркутск вступил в ряды Красной Армии, принимал участие в боевых действиях в Забайкалье, на  Дальнем Востоке.
Демобилизовавшись в 1923г.,  А.И. Новгородов едет в г. Москва, где поступает на учёбу в Коммунистический университет трудящихся Востока. Весной 1931г. А.И. Новгородов первым из якутов поступает в Институт красной профессуры. Трёхлетнюю учёбу в институте сочетает с преподавательской деятельностью в Московском финансово-экономическом институте и Высшей школе профсоюзного движения  при ВЦСПС.  В 1937-1939 г.г. был директором Якутского государственного пед.института. В 1938г. первым из якутов был удостоен звания "доцент". В 1939 - 1941 г.г преподавал в МГПИ, в апреле 1941 г. А.И. Новгородову была присвоена учёная степень кандидата философских наук, опять же первым из якутов.
В 1947г. был направлен в Якутию для создания базы академической науки, в 1949г. был открыт Якутский филиал Академии Наук СССР. В 1950 - 1953 г.г. А.И. Новгородов проходит курс докторантуры в Ленинградском отделении Института истории АН СССР. В 1953 - 1981 г.г. работает доцентом, профессором, зав. кафедрой истории  Московского областного педагогического института им. Н.К. Крупской. Новгородов А.И. - автор 150 научных трудов, в т.ч. 7 монографий по истории революционного движения, установления советской власти и гражданской войны в Якутии.
После окончания гражданской войны выпускники Верхоянской школы смогли повысить свое образование. По стопам своего старшего брата Афанасия Новгородова пошёл Новгородов Георгий, в 1928г. он поступил в Коммунистический университет трудящихся Востока. Также на рубеже 20-30 г.г. ХХ века  в Московском институте народного хозяйства имени Г.В. Плеханова учился  Попов Дмитрий Николаевич. После получения диплома экономиста-финансиста вернулся в родную Якутию. С первых дней Великой Отечественной войны был призван в Красную Армию, его, как образованного специалиста, оставили писарем в штабе. Зимой 1941г., в трагические дни обороны г. Москва, умер.
Один из первых комсомольцев  Верхоянья Михаил Владимирович Колмогоров в 1937 г. окончил Высшую Иркутскую Юридическую Академию. 
Массовое народное образование на севере началось только в советское время. В г. Верхоянск это было связано с открытием единой трудовой советской школы в 1921г.
Достижения школы
(до 2007 г.)
Коллектив Верхоянской школы сохраняет лучшие традиции предыдущих лет, определяет основные направления и перспективы развития школы исходя из требований времени.
- Лауреат Всероссийского конкурса "Школа года-96".
- Лауреат Всероссийского конкурса "Школа года-97".
- Лауреат Всероссийского конкурса "Школа года-98".
Грант I степени Министерства по молодёжной политике РС( Я) по итогам республиканского конкурса в номинации "Проект по экологии и краеведению" по теме "Сохраним озеро Байкал".
Лагерь "Мастерок" - победитель республиканского смотра-конкурса по организации летней занятости в номинации "Трудовые лагеря" в 2004 г.
Присвоен статус РЭП по итогам VII республиканского конкурса культурно-образовательных инициатив, 2007 г.
Победитель Всероссийского конкурса общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы, проведённого в рамках Приоритетного национального проекта "Образование", обладатель Гранта Президента РФ.
Победитель в районном конкурсе "Лучшая школа"
"Школа является опорной школой Министерства образования РС (Я).
"С 2005 года муниципальная экспериментальная площадка по теме "Информационно-образовательное пространство школы-комплекса в условиях Верхоянья". Основная идея проекта вытекает из необходимости повышения эффективности внедрения новых информационных технологий в образовательный и управленческий процесс.
"В 2006 г. получила статус Ассоциированной школы ЮНЕСКО.
"С 2007 г. является республиканской экспериментальной площадкой по теме "Международный и культурный туризм детей на Полюсе холода как средство формирования социально адаптированной личности учащихся".

В почёте в школе
все науки
С каждым годом отмечается увеличение количества учащихся, стремящихся к вершинам знаний, к спортивным и культурным высотам.
В 2000 году в региональной олимпиаде  по французскому языку Дальнего Востока и Сибири в г. Иркутск результативно выступили ученицы Марфы Егоровны Бережневой: Арияна Слепцова - финалист, Мария Горохова - участник.
Также успешно участвовали во Всероссийской олимпиаде школьников по французскому языку: в 2007 г. ученица 9 класса Кристина Чирикова в г. Набережные Челны, в 2008 г. Татьяна Чирикова, ученица 9 класса, в г. Ульяновск.
В суперфинале республиканском (III) этапе Всероссийской олимпиады школьников   учащиеся занимают призовые места по французскому языку (М.Е. Бережнева), экологии (Т.В. Горохова), истории (И.С. Филиппова), якутскому языку и литературе (А.С. Васильева).
Результатом работы блока дополнительного образования является показатель участия школы в муниципальных, региональных, республиканских и всероссийских конкурсах, соревнованиях: "Франция далекая и близкая", "Франция: Что? Где? Когда?", сочинения на иностранном языке в рамках Дней Министерства иностранных дел России в Якутии, в республиканской олимпиаде  ЯГУ по географии, в эвристической заочной олимпиаде по истории развития промышленности РС (Я), в олимпиаде физико-математической школы "Дьо±ур" в рамках зимней  школы.
В республиканском конкурсе "Матбой" команда школьников нашего района с 2006 г. занимает 1 место во второй лиге и входят в высшую лигу (1 ученик нашей школы включён в состав региональной команды).
В республиканском конкурсе "Физматбой" команда школьников нашего района ежегодно занимает 3 место среди общеобразовательных школ (от 1 до 5 учеников).
"Шаг в будущее" - новые актуальные идеи и интересные исследования. Под руководством учителя  Татьяны Васильевны Гороховой. в научно-практической конференции во Всероссийском туре в 2004 г. Михаил Кириллин занял 3 место, в г. Москва, также принял участие в Еврозейском туре по теме, в 2008 г. Светлана Стручкова заняла 1 место, в г. Москва.
В 2009 г. Артём Рожин занял 1 место , в 2010 г. стал лауреатом во Всероссийском туре НПК в г. Москва,  в  научной конференции  старшеклассников и студентов "Интеллектуальное возрождение" в г. Санкт-Петербург  отмечен дипломом 1 степени (2008 г).  Руководитель Раиса Николаевна Скрябина.
Растет интерес родителей к занятиям  детей в кружках  дополнительного образования.  Востребованы и кружки эколого - спортивной направленности.
Школа имеет особую социальную значимость для города, являясь его духовным  и культурным центром. На её базе проводятся мероприятия разного уровня, так в феврале  2006 г. прошёл международный семинар "Межкультурный диалог через образование" с участием экспертов Совета Европы.
Школа сотрудничает с Саха-бельгийской гимназией (Усть-Алданский улус) с 2004 года.  Основная методическая помощь состоит в организации приезда иностранных  преподавателей английского и французского языков. Так в  школе работали: в 2004 г. Алис Марто (Франция), в 2007 г. Один Миллер (США), в 2009 г. Жан-Пьер де Шеппер (Бельгия).
Ежегодно в рамках программы "Временное трудоустройство несовершеннолетних граждан в возрасте от 14 до 18 лет" школа сотрудничает с Центром занятости населения Верхоянского улуса. Ежегодно работает ученическо-производственная бригада "Мастерок" по разработанной учащимися и педагогами дополнительного образования по проекту  "Кэскис" с привлечением семейных бригад.
Также каждый год совместно с ОАО "Заполярье", (генеральный директор Е.А. Портнягина)  на базе оздоровительного лагеря "Харысхал" организуется летний отдых школьников. В 2007 г. III сезон лагеря проходил под эгидой ЮНЕСКО. В состав образовательной программы были включены такие курсы как: английский и французский языки, страноведение, лингвистика, риторика, ИЗО, актерское мастерство и др.
Районный краеведческий музей "Полюс холода" является одним из основным социальных партнеров в рамках реализации проекта "Международный культурный туризм детей на Полюсе холода". На его базе наши школьники проходят основы музейного, экскурсоводческого дела. 
Совместно с Верхоянской  детской музыкальной школой 19-20 марта 2008  был проведен первый Районный конкурс исполнителей фольклорного искусства среди детей "Дьааны кэскилэ". На конкурс в качестве почётных гостей и жюри были приглашены заслуженные артисты РС (Я) Герман и Клавдия Хатылаевы.
С 2007 г. школа сотрудничает с ООО  Центром образовательных услуг "ТЭО" (г. Якутск).  Были организованы  туристические поездки школьников в г. Москва,   в Европу. Действует подпроект "Каникулы на Полюсе холода". Школьное самоуправление в дни весенних каникул принимает туристов - учащихся наслежных школ района.